本校動物疾病診斷中心是由行政院農業委員會暨所屬動植物防疫檢疫局補助及屏東科技大學配合成立與執行，於民國96年12月1日落成啟用，經民國99年3月15日第42次校務會議通過設置呈報教育部備查，成為本校正式組織編制。